Unter dem Namen Eurobahn trat im Mai 2000 in Mannheim und Mainz eine Gesellschaft unter den Namen Rhenus Keolis auf den Plan die zur Gründungszeit in Mannheim mit Niederlassung in Mainz war. Mit der Separierung von Rhenus und Keolis zog die Hauptverwaltung kurze Zeit nach Gründung nach Berlin. Von da aus wurde das Unternehmen über 15 Jahre gesteuert. Mit der Betriebsaufnahme im Maas-Rhein-Lippe-Netz 2009 gab es erstmalig im rheinländischen Düsseldorf den ersten Verwaltungssitz, der seit 2015 Hauptsitz der Eurobahn ist. Im April 2025 übernimmt der Aufgabenträger Nahverkehr Westfalen-Lippe (NWL) 100% der Eurobahn-Gesellschaftsanteile, um deren Weiterbetrieb auch in finanziell angespannter Lage weiterhin zu gewährleisten. 2027 sollen diese wieder an einen anderen Investor veräußert werden.
Mit dem Maas-Wupper-Express, RE 13, fährt die Eurobahn seit 2010 täglich alle Reisende bis ins Nachbarland Niederlande. Mit der Übernahme der Linie RB 61 im Dezember 2017 wird zudem grenzüberschreitend bis Hengelo, Niederlande, gefahren. Für die Ausbildung der Triebfahrzeugführer bedeutet dies nebst Streckenkunde, Lernen des niederländischen Regelwerkes sowie der Sprache.
Die dauerhaft wiedereröffnete Strecke zwischen Alzey und Kirchheimbolanden wurde zum ersten Einsatzgebiet der Bahngesellschaft. Zunächst setzte man hier leihweise DWA-Triebwagen der Burgenlandbahn ein, bis man über eigene Fahrzeuge vom Typ Regioshuttle verfügte.
Am 29.11.2000 ist VT 1.02 (650 132-3) noch in Alzey unter lauter DB-628ern der einzige seiner Art und mit der Fuhre nach Kirchheimbolanden betraut. Inzwischen stehen Fahrzeug und die Strecke ebenso wie die Hunsrückbahn und der Freiberger Eisenbahn unter der Regie der Rhenus Veniro (VEN).
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Ab Dezember 2008 hatte die ERB den Betrieb des sogenannten Hellweg-Netzes übernommen. Dort werden jährlich rund 5,6 Mio. Zugkilometer erbracht (das sind ca. 5% der Leistungen in NRW), damit war das Wettbewerbsverfahren Hellweg-Netz eines der bisher größten bundesweit durchgeführten Verfahren zur Vergabe von Leistungen im SPNV! Nachfolgende Linien sind betroffen:

• RB 50 Dortmund - Lünen - Münster (Der Lünener)
• RB 59 Dortmund - Unna - Soest (Hellweg-Bahn)
• RB 69 Münster - Hamm - Bielefeld (Westfalen-Bahn)
• RB 89 Münster - Hamm - Soest - Paderborn (- Warburg) (Westfalen-Bahn)

Am 12.10.2009 stehen ET5.07 (428 106-9 + 828 206-3 + 828 306-1 + 428 606-8) und ET5.01 (428 100-2 + 828 200-6 + 828 300-4 + 428 600-1), zwei der spurtstarken FLIRT-Triebwagen der ERB, in Münster zur Abfahrt bereit. Dabei sind sie als RBen 69 und 89 bis Hamm vereint und fahren anschließend getrennte Wege nach Paderborn bzw. Bielefeld. In Hamm-Heessen hatte übrigens am 15.08.2009 eine neue Werkstatt ihre Tore geöffnet.
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Die Linien RB71 Ravensberger Bahn sowie RB73 Der Lipperländer fahren ebenfalls unter Eurobahn-Regie, das sind die von Bielefeld ausgehenden Strecken nach Rahden und Lemgo. Am 07.08.2015 findet sich VT308 in Münster (643 368-3 + 943 368-0 + 643 868-2).
Mit dem Fahrplanwechsel am 10.12.2017 fiel der Eurobahn das Teutoburger-Wald-Netz zu, es umfaßt diese fünf Linien:

• RB 61: Wiehengebirgsbahn (Bielefeld-Osnabrück-Bad Bentheim-Hengelo)
• RB 65: Ems-Bahn (Münster-Rheine)
• RB 66: Teuto-Bahn (Münster-Osnabrück)
• RB 72: Ostwestfalen-Bahn (Herford-Paderborn)

mit einer Gesamtstreckenlänge von 500 Kilometern. Trotz Übernahme von Fahrzeugen und Personal der Westfalenbahn kam es dabei zu unerfreulichen Ausfällen, zumal die Zulassungen der neuen grenzüberschreitenden Mehrsystem-Elektrotriebzüge für Deutschland bzw. die Niederlande jeweils ein aufwendiges amtliches Prüf- und Nachweisverfahren erforderten und trotzdem noch Störungen an den Tw zu beklagen waren.
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Am 30.08.2019 erschien im Osnabrücker Hauptbahnhof mit einiger Verspätung ERB-Triebwagen ET 4.05, der als RB61 aus Hengelo kommend weiter nach Bielefeld verkehrte. Es handelt sich bereits um einen Flirt KE-5, die einzelnen Bauserien unterscheiden sich je nach dem Stand der Technik. Das Fahrzeug 429 015/515 ist von der Alpha Trains Europa an die Eurobahn vermietet, was wohl die abweichende Farbgebung erklärt. Im Hintergrund übrigens das markante Osnabrücker Stellwerk.
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